تعداد نشریات | 43 |
تعداد شمارهها | 1,650 |
تعداد مقالات | 13,398 |
تعداد مشاهده مقاله | 30,197,158 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 12,072,573 |
تبارشناسی زیرگونۀ سسک گلوسفید کوچک (Sylvia curruca halimodendri) جزیرۀ قشم با رویکرد سیستماتیک مولکولی | ||
تاکسونومی و بیوسیستماتیک | ||
مقاله 2، دوره 13، شماره 46، خرداد 1400، صفحه 1-16 اصل مقاله (660.77 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22108/tbj.2021.126436.1143 | ||
نویسندگان | ||
هادی پورموسی شیخعلی کلایه1؛ سید محمود قاسمپوری* 2 | ||
1دانشجوی دکتری گروه محیط زیست، دانشکده منابع طبیعی و علوم دریایی، دانشگاه تربیت مدرس، ایران | ||
2استادیار، گروه محیط زیست، دانشکده منابع طبیعی و علوم دریایی، دانشگاه تربیت مدرس، ایران | ||
چکیده | ||
به تبارشناسی پرندگان آوازهخوان از دیرباز بسیار توجه شده است. در این مطالعه، از نشانگر میتوکندریایی cytb بهمنظور شناخت جایگاه آرایهشناختی زیرگونۀ سسک گلوسفید کوچک (Sylvia curruca) در یکی از جنوبیترین مناطق پراکنش آن در ایران استفاده شده است. از مقایسۀ توالیهای بهدستآمده از نمونههای جزیرۀ قشم با بانک ژن، مشخص شد این آرایه در جنوب ایران با نام halimodendri قلمداد میشود و درنهایت، وضعیت کلادیستیک سسکهای جزیرۀ قشم در جنوب هرمزگان، در جایگاه منطقهای مطالعهنشده در ایران مشخص شد؛ همچنین با رویکرد سیستماتیک مولکولی و با استفاده از تحلیلهای تبارشناسی مشخص شد این زیرگونه، دو کلاد و هاپلوتایپ جداگانه با بیشترین گرۀ تکاملی نسبت به آرایۀ شاخص این گونه، یعنی curruca، را به خود اختصاص میدهد. تجزیه و تحلیلهای فاصلۀ ژنتیکی و درختهای تبارشناسی، ضمن جایدادن سسکهای جزیرۀ قشم در دو کلاد جدا از هم، نشان داد این تفاوت در دو نوکلئوتید شمارۀ 435 و 438 بارز میشود. این تفاوتها در دو کلاد تشکیلشده از جزیرۀ قشم وجود دارد که ممکن است ناشی از تفرق مسیرهای مهاجرتی و مکانهای مجزای زادآوری در زیستگاههای شمالی باشد. | ||
کلیدواژهها | ||
تبارشناسی؛ سسک گلوسفید کوچک؛ سیستماتیک مولکولی؛ قشم؛ زیرگونه | ||
اصل مقاله | ||
مقدمه مواد و روشها
جدول 1- مختصات نقاط نمونهگیری سسک گلوسفید کوچک در جزیرۀ قشم روشهای آزمایشگاهی F: L14841 5´-CCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA-3´ F: L14995 5´-CAACATCTCAGCATGATGAAACTTCG-3´
آنالیزهای مولکولی
شکل 3- درخت نهایی ژن cytb برای سسک گلوسفید کوچک ایران و جهان به ترتیب BI:ML. درخت احتمال بیشینه با تکرار 1000 (معنیداری 70>) و درخت بیزین با تکرار 100 میلیون (معنیداری 95/0>) محاسبه شده و درج ns نشاندهندۀ معنیدارنبودن است. جدول 2- تفاوت نوکلئوتیدهای موجود در دو کلاد مربوط به نمونههای قشم جدول 3- ماتریس فاصلۀ بین کلادهای درخت احتمال بیشینه براساس مدل جایگزینی انتخابشده
شکل 5- نقاط پراکنش سسک گلوسفید کوچک جزیرۀ قشم به همراه سایر زیرگونهها در ایران (اقتباس ازAbdilzadeh et al., 2019). جمعبندی سپاسگزاری | ||
مراجع | ||
Abdilzadeh, R., Aliabadian, M., & Olsson, U. (2019). A Molecular Assessment of the Taxonomy of Iranian Sylvia Warblers (Aves; Sylviidae). Journal of Genetic Resources, 5(2), 149-162. Abdilzadeh, R., Aliabadian, M., & Olsson, U. (2020). Molecular Assessment of the Distribution and Taxonomy of the Lesser Whitethroat Sylvia Curruca Complex in Iran, With Particular Emphasis on the Identity of the Contentious Taxon, Zagrossiensis Sarudny, 1911. Journal of Ornithology, 161(3), 665-676. Aliabadian, M., Alaee Kakhky, N., & Darvish, J. (2012). Phylogenetic Systematics of Barn Owl (Tyto Alba (Scopoli, 1769)) Complex Inferred from Mitochondrial rDNA (16s rRNA) Taxonomic Implication. Taxonomy and Biosystematics Journal, 4(11), 1-12 (in Persian). Avise, J. C. (2006). The Ontogeny of Molecular Ecology. Molecular Ecology, 15(10), 2687-2690. Batista, F. M., Lallias, D., Taris, N., Guedes-Pinto, H., & Beaumont, A. R. (2011). Relative Quantification of the M and F Mitochondrial DNA Types in the Blue Mussel Mytilus Edulis by Real-Time PCR. Journal of Molluscan Studies, 77(1), 24-29. Blondel, J., Catzeflis, F., & Perret, P. (1996). Molecular Phylogeny and the Historical Biogeography of the Warblers of the Genus Sylvia (Aves). Journal of Evolutionary Biology, 9(6), 871-891. Böhning‐Gaese, K., Schuda, M. D., & Helbig, A. J. (2003). Weak Phylogenetic Effects on Ecological Niches of Sylvia Warblers. Journal of Evolutionary Biology, 16(5), 956-965. Brambilla, M., Vitulano, S., Spina, F., Baccetti, N., Gargallo, G., Fabbri, E., Guidali, F., & Randi, E. (2008). A Molecular Phylogeny of the Sylvia Cantillans Complex: Cryptic Species within the Mediterranean Basin. Journal of Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(2), 461-472. Clements, J. F., Schulenberg, T. S., Iliff, M. J., Roberson, D., Fredericks, T. A., Sullivan, B. L., & Wood, C. L. (2018). The eBird/Clements checklist of birds of the world: v2016. Extraído el, 31(12), 2018. Del Hoyo, J., Elliott, A., & Sargatal, J. (1992). Handbook of the Birds of the World. Barcelona: Lynx Edicions. Gill, F., & Donsker, D. (2018). IOC World Bird List (v8. 1). Retrieved from: www. worldbirdnames. org. Haig, S. M. (1998). Molecular Contributions to Conservation. Ecology, 79(2), 413-425. Hall, T., Biosciences, I., & Carlsbad, C. (2011). BioEdit: An Important Software for Molecular Biology. GERF Bulletin of Biosciences Journal, 2(1), 60-61. Helbig, A. J., & Seibold, I. (1999). Molecular Phylogeny of Palearctic–African Acrocephalusand Hippolais Warblers (Aves: Sylviidae). Journal of Molecular Phylogenetics and Evolution, 11(2), 246-260. Johns, G. C., & Avise, J. C. (1998). A Comparative Summary of Genetic Distances in the Vertebrates from the Mitochondrial Cytochrome b Gene. Journal of Molecular Biology and Evolution, 15(11), 1481-1490. Katoh, K., & Standley, D. M. (2013). MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Journal of Molecular Biology and Evolution, 30(4), 772-780. Keis, M., Remm, J., Ho, S. Y., Davison, J., Tammeleht, E., Tumanov, I. L., & Margus, T. (2013). Complete Mitochondrial Genomes and a Novel Spatial Genetic Method Reveal Cryptic Phylogeographical Structure and Migration Patterns among Brown Bears in North‐Western Eurasia. Journal of Biogeography, 40(5), 915-927. Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Journal of Molecular Biology and Evolution, 35(6), 1547-1549. Leigh, J. W., & Bryant, D. (2015). POPART: Full-Feature Software for Haplotype Network Construction. Journal of Methods in Ecology and Evolution, 6(9), 1110-1116. Loskot, V. M. (2005). Morphological Variation and Taxonomic Revision of Five South-Eastern Subspecies of Lesser Whitethroat Sylvia curruca (L.) (Aves: Sylviidae). Zoologische Mededelingen, 79, 157-165. Mayr, E. (1968). Theory of Biological Classification. Nature, 220(5167), 545-548. McKiernan, H. E., & Danielson, P. B. (2017). Molecular Diagnostic Applications in Forensic Science. In Molecular Diagnostics (pp. 371-394). Academic Press. Miller, M. A., Pfeiffer, W., & Schwartz, T. (2010). Creating the CIPRES Science Gateway for Inference of Large Phylogenetic Trees. In 2010 Gateway Computing Environments Workshop (GCE) (pp. 1-8). Min, S. K., Kim, W. Y., Cho, Y., & Kim, K. S. (2011). Fast DNA Sequencing with a Graphene-Based Nanochannel Device. Nature Nanotechnology Journal, 6(3), 162-165. Olsson, U., Leader, P. J., Carey, G. J., Khan, A. A., Svensson, L., & Alström, P. (2013). New Insights into the Intricate Taxonomy and Phylogeny of the Sylvia Curruca Complex. Journal of Molecular Phylogenetics and Evolution, 67(1), 72-85. Ong, A. H., & Vellayan, S. (2008). An Evaluation of CHD‐Specific Primer Sets for Sex Typing of Birds from Feathers. Zoo Biology: Published in Affiliation with the American Zoo and Aquarium Association, 27(1), 62-69. Segelbacher, G. (2002). Noninvasive Genetic Analysis in Birds: Testing Reliability of Feather Samples. Journal of Molecular Ecology Notes, 2(3), 367-369. Seutin, G., White, B. N., & Boag, P. T. (1991). Preservation of Avian Blood and Tissue Samples for DNA Analyses. Canadian Journal of Zoology, 69(1), 82-90. Shirihai, H., Gargallo, G., & Helbig, A. J. (2001). Sylvia Warblers: Identification, Taxonomy and Phylogeny of the Genus Sylvia. A&C Black. Sullivan, J., & Joyce, P. (2005). Model Selection in Phylogenetics. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 36, 445-466. Templeton, A. (2002). Out of Africa Again and Again. Nature, 416(6876), 45-51. Voytas, D. (2000). Agarose Gel Electrophoresis. Current Protocols in Molecular Biology, 51(1), 2-5.
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 503 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 249 |